A transmissão silvestre da febre amarela é feita por intermédio de mosquitos do gênero Haemagoggus e Sabethes. O ciclo silvestre do vírus é mantido pela infecção de macacos e da transmissão transovariana do vírus no próprio mosquito. A infecção humana ocorre quando uma pessoa não imunizada entra em áreas de florestas. Uma vez infectada, a pessoa pode ao retornar tornar-se uma fonte de infecção para o Aëdes aegypti, o mesmo mosquito que transmite o dengue. Uma vez infectado, o Aëdes aegypti poderia então iniciar a transmissão da febre amarela em áreas urbanas. Esse risco pode ser significativamente reduzido com a vacinação de viajantes (não vacinados ou vacinados há mais de 10 anos) pelo menos 10 dias antes da entrada em áreas de risco de transmissão silvestre e "rural" da febre amarela, e, em áreas urbanas, com o combate efetivo aos Aëdes e com a gradativa e sistemática vacinação das populações. Além da vacina contra a febre amarela, observadas as contra-indicações, o Cives recomenda que sejam criteriosamente seguidas as medidas de proteção contra as doenças transmitidas por insetos.

As manifestações da febre amarela não dependem do local de transmissão. Não existe um tipo de febre amarela "silvestre" e outro "urbano", mas transmissão "silvestre" e transmissão "urbana". A doença é uma só. A diferença está apenas nos transmissores e no local geográfico de aquisição da infecção. O vírus e a evolução clínica são idênticos. A maioria dos casos da infecção pelo vírus da febre amarela apresenta manifestações leves ou inexistentes. São, portanto, difíceis de serem reconhecidos e diagnosticados, mas nem por isso deixam de ser uma fonte de infecção para o Aëdes aegypti. No entanto, cerca de 15% das pessoas que desenvolvem manifestações da febre amarela apresentam formas graves e, destas, até 50% evoluem para óbito. Em razão disto, é necessário ampliar a capacidade do sistema de vigilância para torná-lo capaz de detectar também os casos menos exuberantes.